Xã Ngọc Đào thuộc phía Đông Nam của huyện Hà Quảng, tỉnh Cao Bằng, cách trung tâm huyện 10km. Xã có địa giới hành chính: phía Đông giáp các xã Hồng Sỹ, Mã Ba, Thượng Thôn; phía Tây giáp xã Dân Chủ (huyện Hòa An); phía Nam giáp xã Nam Tuấn (huyện Hòa An); phía Bắc giáp thị trấn Xuân Hòa.
Ngọc Đào là xã có diện tích và dân số lớn nhất trong các xã của huyện, ở vị trí cửa ngõ, giáp ranh nhiều xã của huyện Hà Quảng và huyện Hòa An. Trên địa bàn có tuyến đường Hồ Chí Minh, đường tỉnh 214, đường huyện, đường liên xã nối liền với các xã, huyện xung quanh, do đó thuận lợi cho việc giao lưu kinh tế, văn hóa, chính trị. Đồng thời, xã có hệ thống đường giao thông liên xóm thuận tiện cho việc đi lại của nhân dân cũng như vận chuyển hàng hóa từ các xóm.
Thuộc vùng đồng bằng của huyện nên địa hình của xã tương đối bằng phẳng. Trên địa bàn có các ngọn núi như Phja Mạ, Pác Khoang, Khau Rục, Tềng Khoen. Tổng diện tích tự nhiên là 39,68km2, trong đó diện tích đất nông nghiệp 3682,65ha, đất phi nông nghiệp 262,79ha, đất chưa sử dụng 22,59ha. Đất đai gồm có các loại như: đất feralit nâu đỏ, đỏ, xám và đất phù sa là các loại đất thích hợp phát triển cây trồng như thuốc lá, đậu tương, lạc, ngô, lúa…
Xã nằm trong vùng chịu sự ảnh hưởng của khí hậu vùng nhiệt đới gió mùa và gió mùa Đông Bắc. Nắng nóng từ cuối tháng 3 đến đầu tháng 9 hằng năm. Khí hậu thay đổi theo từng mùa rõ rệt, rét từ tháng 10 đến tháng 02 năm sau. Nhiệt độ trung bình năm cao nhất là 39oC, thấp nhất dưới 10oc. Độ ẩm cao nhất là 80 - 90%, thấp nhất 40%. Độ ẩm trung bình cả năm là 68%. Lũ lụt thường xảy ra vào tháng 6,7,8 hàng năm; sương mù từ giữa tháng 9 năm trước đến đầu tháng 3 năm sau. Thời tiết diễn biến phức tạp, hằng năm xảy ra nhiều đợt rét đậm, rét hại, hạn hán kéo dài, mưa cục bộ, gió lốc, sương muối, mưa bão, lũ quét… ảnh hưởng đến việc phát triển sản xuất và thiệt hại về hoa màu, tài sản.